首都机场不同高速路段收费不同，首都机场高速（S1）单向收费10元/次，双向收费20元/次；机场第二高速（S15）前往T3航站楼单向收费10元/次，前往T1、T2航站楼单向收费15元/次；机场南线高速（S1京开高速）京承高速至京开高速段15元，京开高速至机场段10元；机场北线高速（S50）京承高速至机场段10元。
首都机场高速的收费规则考虑了不同的行驶方向和目的地航站楼。比如首都机场高速（S1），不管是前往机场还是返回市区，单向都是10元，若来回则需20元。机场第二高速（S15）因前往的航站楼不同而收费有别，去T3航站楼相对便宜，去T1、T2航站楼稍贵。机场南线高速和北线高速则按照行驶的里程区间来计费。
此外，还有一些优惠政策。2小时内连续通行首都机场周边高速公路进出首都机场及来往市区与顺义、平谷等地区的车辆，可凭交易凭证免费通行；军车、警车、消防车、救护车，持有绿色通道通行证的车辆在特定路段免费通行。部分路段还有特殊优惠，如天竺收费站出京方向收费标准调整为5元/标准车·次，各收费站进京方向停止收费，持特定票据在当日通行首都机场高速公路天竺收费站时可验票免费通行一次。这些收费规则和优惠政策共同构成了首都机场高速的收费体系 。
