醉驾立案但证据不足时，公安机关、检察院和法院会依据《刑事诉讼法 》相关规定，按不同阶段进行处理。
在侦查阶段，公安机关有两种选择。一方面可以撤销案件，直接终结程序；另一方面也能继续移送审查起诉。这一阶段的处理决定，取决于证据的收集和补充情况。进入审查起诉阶段，检察院对于需要补充侦查的案件，可以退回公安机关补充侦查，且以二次为限。要是二次补充侦查后，检察院仍然觉得证据不足，不符合起诉条件，就应当作出不起诉的决定。而到了审判阶段，合议庭会根据具体情况判决，当证据不足，不能认定被告人有罪时，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
醉驾立案后证据不足的处理，体现了司法机关遵循疑罪从无原则，维护了法律的公平与公正，保障了当事人的合法权益。
