闯两次红灯扣12分后，驾驶证会被公安交管部门扣留，需参加道路交通安全法律、法规学习并通过考试才能恢复驾驶资格。
根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶人需在十五日内前往驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门，接受为期七日的法规学习。学习内容聚焦道路交通安全法律、法规及相关知识，旨在强化驾驶人的规则意识。学习结束后，车辆管理所将在二十日内组织考试，考试合格的，记分予以消除并发还驾驶证；若考试不合格，则需继续参加学习和考试。在此期间，驾驶人不得驾驶机动车上路，否则将面临更严重的处罚。
实际处理中，驾驶人需携带有效证件按流程办理：先在交管所填写资料、完成规定学时的学习，取得学习合格证明后预约科目一考试。通过考试后，即可前往交警队取回驾驶证。需注意的是，借他人驾照扣分需本人到场办理，且代替他人扣分谋取利益属违法行为，将被暂扣驾驶证并处罚款。此外，若存在特殊情况如在交警指挥下闯红灯、避让紧急车辆等，驾驶人可提供证明申请核实纠正。
闯两次红灯扣12分的处理核心是通过学习与考试重新掌握交通规则，恢复驾驶资格。这一过程不仅是对违法行为的纠正，更是对驾驶人安全意识的再教育。驾驶人应以此为戒，严格遵守交通信号灯指示，避免类似情况再次发生，确保道路通行安全。
